Při cestě do Botswany určitě nepotřebujete žádné povinné očkování. Opomínat byste však neměli na očkování doporučená, která vás ochrání před nejčastějšími nemocemi. Je to například očkování proti žloutence typu A, očkování proti žloutence typu B, břišní tyfus a tetanus. Někteří cestovatelé dokonce doporučují i očkování proti žluté zimnici podle toho, do jaké oblasti se chystáte.
Jistá zdravotní rizika na vás mohou čekat především v oblasti delty Okavango a ještě v období dešťů. Tam je hodně vlho, vysoký výskyt komárů a hrozí onemocnění malárií. V takový okamžik buďte vybaveni odpovídajícími léky a repelenty.
Do Botswany se také nedoporučuje vyrážet za „sexuální turistikou“, protože v zemi je velký výskyt HIV nemocných lidí.
Při pití z vodovodu si vždy dávejte pozor na to, aby taková voda byla dostatečně přefiltrovaná a ošetřená. Jestliže se však nechcete podrobovat jakémukoliv riziku onemocnění a žaludečních problémů, volte vodu balenou. Tu mějte vždy sebou a v dostatečném množství.